۱) تغییر قوانین داخلی:
این کنوانسیون در برخی از موارد از کشور عضو میخواهد که قوانین داخلی خود را تغییر دهد؛ به عنوان مثال در ماده ۴ از کشورهای عضو میخواهد که جرائم مندرج در ماده ۲ این کنوانسیون را به عنوان جرائم جزائی در قانون داخلی خود قرار دهد. اجبار به تغییر قانون داخلی، استقلال حقوقی کشور را از بین میبرد که این مسئله با اصول ۱۵۲ و ۱۵۳ قانون اساسی مغایرت دارد که می گوید: «سیاست خارجی جمهوری اسلامی ایران بر اساس نفی هر گونه سلطهجویی و سلطهپذیری، حفظ استقلال همهجانبه و تمامیت ارضی کشور، دفاع از حقوق همه مسلمانان و عدم تعهد در برابر قدرت های سلطهگر و روابط صلحآمیز متقابل با دول غیرمحارب استوار است» و «هر گونه قرارداد که موجب سلطه بیگانه بر منابع طبیعی و اقتصادی، فرهنگ، ارتش و دیگر شئون کشور گردد، ممنوع است». همچنین از دیگر اصول مغایر با این کنوانسیون میتوان به بخشهایی از اصول ۲ و ۳ قانون اساسی اشاره نمود.
۲) مصادیق اعمال تروریستی:
طبق این کنوانسیون، ایران نمیتواند با ملاحظات عقیدتی و سیاسی خود، از اقدامات گروههای مقاومت که در برابر تروریسم تکفیری و صهیونیستی مقابله میکنند، حمایت کند؛ به طوری که در ماده ۶ کنوانسیون آمده است: «هر کشور عضو در موارد لزوم و عندالاقتضاء اقداماتی را نظیر تدوین قانون داخلی اتخاذ خواهد نمود، تا اطمینان حاصل نماید اعمال جزائی منظور در این کنواسیون، تحت هیچ گونه شرایطی با توجه بـه ملاحظات مربوط به ماهیت سیاسی، فلسفی، عقیدتی، نژادی، قومی، مذهبی و یا غیره قابل توجیه نباشند». این مسئله با اصول ۲ و ۳ و ۱۵۴ قانون اساسی مغایرت دارد که میگوید: «جمهوری اسلامی ایران ... از مبارزه حقطلبانه مستضعفین در برابر مستکبرین در هر نقطه از جهان حمایت میکند»؛ همچنین این ماده با بند ۵۹ سیاستهای کلی برنامه ششم توسعه تعارض دارد، که :«حفظ و افزودن بر دستاوردهای سیاسی جمهوری اسلامی در منطقه آسیای جنوب غربی» را به عنوان یکی از اهداف ذکر می کند.
۳) همکاریهای قضایی و انتقال اطلاعات به خارج از کشور:
در بخشهایی از دو ماده ۱۲ و ۱۸ این کنوانسیون، ایران ملزم میشود اطلاعاتی را به خارج از کشور منتقل کند و همچنین با کشورهای دیگر در حوزههای قضایی و تحویل دادن مجرمان همکاری کند؛ به عنوان مثال این کنوانسیون کشور عضو(کشورهای ملحق شده) را ملزم می کند که درخواست همکاری حقوقی کشورهای دیگر را بر اساس رازداری رد نکند؛ از آنجا که همواره سپاه پاسداران انقلاب اسلامی در ادبیات دولتمردان آمریکایی، متهم به انجام اقدامات تروریستی بوده است و اساساً بخش اعظم تحریمها علیه کشور، با برچسب تروریسم بر سپاه اعمال میشود، بنابراین انتقال اطلاعات نهادهای زیر مجموعه و پوششی این نهاد و همچنین مؤسسات و شرکتهایی که هر سطحی از تعامل با سپاه پاسداران را داشته باشند، در شرایط فعلی کشور (دوران تحریم و جنگ اقتصادی) میتواند به شناخت و در نهایت تحریم های بیشتر از سوی آنها منجر شود و همچنین دوقطبی تحریمی-غیرتحریمی را تشدید کند. این بخش از کنوانسیون با اصول ۲ و ۴۳ قانون اساسی تضاد دارد؛ به علاوه این بخش از کنوانسیون با ماده ۲۲ سیاستهای کلی اقتصاد مقاومتی مغایرت دارد که میگوید: «دولت مکلف است برای تحقق سیاستهای کلی اقتصاد مقاومتی با هماهنگ سازی و بسیج پویای همه امکانات کشور، اقدامات زیر را معمول دارد: شناسایی و به کارگیری ظرفیتهای علمی، فنی و اقتصادی برای دسترسی به توان آفندی و اقدامات مناسب، رصد برنامههای تحریم و افزایش هزینه برای دشمن، مدیریت مخاطرات اقتصادی از طریق تهیه طرحهای واکنش هوشمند، فعال، سریع و به هنگام در برابر مخاطرات و اختلالهای داخلی و خارجی».به موجب دلایل بالا است که دولت و مجلس برای حل این مشکل به حق شرط متوسل شده و اعلام کردهاند :«جمهوری اسلامی ایران با نظر به اصول و هنجارهای حقوق بین الملل تا حین پذیرش کنوانسیون از جمله کنوانسیون ۱۹۹۹، سازمان کنفرانس اسلامی و قطعنامههای مرتبط ملل متحد از جمله قطعنامه ۲۶۲۵ و ۱۵۱۴، تعریف عمل تروریستی را مشتمل بر مبارزات مشروع مردمی از جمله علیه سلطه استعماری و اشغال خارجی نمیداند و نسبت به اطراف متعاهدی که قلمروی عمل تروریستی را مستند به زیر بند (ب) بند (۱) ماده (۲) کنوانسیون مشتمل بر این مبارزات میدانند، تنها در حدود پیشگفته، متعهد میداند و اعلام میدارد ماده (۶) کنوانسیون ارتباطی به این حق ندارد. این مبارزات فارغ از انگیزه آن مجاز و مشروع است و اعمال تروریستی به هر انگیزهای ممنوع است».